Die Tor'Nai Foundation aus meiner "Sovastania"-Reihe hat für eine zivile Handelsorganisation des 24. Jahrhunderts ziemlich stark bewaffnete Schiffe - bis zu vier Phaserbänke von Typ VII (entspricht dem Standard des 23. Jahrhunderts) und einen Front-Torpedowerfer, dessen Geschosse aber nur ein Viertel der Sprengkraft ihrer Sternenflotten-Pendants haben.
Ein Verbindungsoffizier der Sternenflotte sorgt stets dafür, dass mit all den Waffen kein Unsinn angestellt wird.
Ansonsten könnten gerade Minenschiffe ihre diversen Sprengsätze auch als Waffen zweckentfremden, siehe "Countdown"-Comic, in dem Nero ein paar von den Dingern einfach auf ein Sternenflottenschiff beamen lässt.
Auch die Malon-Frachter aus "Voyager" scheinen zivile Schiffe zu sein, haben aber ziemlich starke Raumladungen an Bord.
Ich denke, gerade wenn man gefährliche Fracht transportiert, kann eine angemessene Verteidigung sinnvoll sein. Wobei innerhalb der Föderation wohl ohnehin nur die Sternenflotte solche Müllfrachter wie die Malons betreiben würde.