Ich glaube durchaus, dass sich primitive Völker auf der Erde bis ins 24. Jahrhundert halten könnten.
Weiße Flecken gibt es im kartographischen Sinne nicht (wohl) mehr, aber es besteht ein Unterschied zwischen der Übersicht, die man von der Erde erhalten hat, und den Orten, die die Menschheit wirklich schon besucht oder (neu) bevölkert haben. Ich denke nicht, dass man die Landmassen der Erde ohne gesteigerte Motivation so vollständig begehen wird, dass sich kein Naturvolk mehr verstecken könnte. Dazu kommt bzw. ausschlaggebend ist die Haltung der entscheidenden Personen.
Khan & Co. dürften genug damit zu tun gehabt haben, die \"zivilisierten\" Völker in Schach zu halten. Die Primitiven stellen weder eine Bedrohung da, noch bieten sie in der Welt neuer Regeln irgendwelche Möglichkeiten, die ihre Unterjochung den Aufwand wert machen würden. Die Atombomben des Dritten Weltkrieges würden auch eher auf die großen Nationen und deren Zentren fallen und nicht grundlos Urwälder vernichten.
Ansonsten kann man es für durchaus möglich halten, dass sich die Mentalität (vom heutigen Tag ausgehend) so verändert, dass ein breiter Konsens enstehen könnte, Naturvölker in ihrer eigenen, abgeschlossenen Welt zu halten. Das muss nicht nur ethnologisch begrüdet sein, Aspekte wie der Naturschutz wären nämlich auch nicht zu vergessen.
Bleibt also nur ein Interesse der Außenstehenden, wirtschaftlicher Natur zum Beispiel, wie die Heranschaffung von Rohstoffen. Aber das will nicht mehr so recht in eine irdische Gesellschaft jenseits des Ersten Kontakts passen. Außerirdische Einmischungen und Bedrohungen sind in der Betrachtung praktisch zu vernachläßigen: Die Föderation als Organisation wird sich für eine Minderheit dieser Ausprägung nicht kümmern oder sie als störenden Faktor ansehen. Invasoren kommen im Grunde nie bis zur Erde durch; ausgerechnet in Naturvölkern nach Sklaven zu suchen, bietet sich nicht wirklich an und der Grad der Ausbeutung und Unterjochung müsste schon unglaublich groß sein, als dass Primitive in den Erwägungen der Bösen wirklich eine Rolle spielen könnten.