Der Hauptunterschied zwischen Replikator und Transporter scheint darin zu bestehen, dass ersterer nur auf molekularer Ebene arbeitet und letzterer auf atomarer (Fracht-Transporter vielleicht ausgenommen, die dürften normalerweise ebenfalls nur recht grob auflösen).
Rein technisch gesehen müsste es allerdings möglich sein, einen Replikator auch auf kompletter Transporter-Basis zu bauen. Dass man das nicht macht dürfte in erster Linie daran liegen, dass eine solche Technologie wegen des Missbrauch-Potentials und der damit verbundenen ethischen Probleme schlichtweg verboten ist.
Denn mit einem solchen Replikator könnte man auch lebende Materie, ja sogar ganze Lebensformen künstlich herstellen und verfielfältigen. Wer eine Invasion plant, bräuchte also im Prinzip nur einen einzigen Elite-Soldaten, der mitsamt Kleidung/ Rüstung und Waffen einige dutzend bis hundert Mal repliziert wird. Dagegen dürften die Klonfabriken aus STAR WARS wie mittelalterliche Alchemisten-Küchen wirken.