Ich würde dazu raten, pro Farbe eine eigene leere Ebene zu erstellen und dann die Konturen des darunter liegenden Schwarz-Weiß-Bilds mit dem Lasso-Auswahlwerkzeug nachzuziehen (präziser, aber auch etwas langsamer geht es mit dem Pfadwerkzeug, wobei man den Pfad anschließend noch in eine Auswahl umwanden muss).
Anschließend wird die Auswahl mit der jeweils gewünschten Farbe gefüllt.
Dass bei dem ganzen Vorgang Teile der schwarzen Striche verdeckt werden, ist nicht weiter schlimm, denn am Ende kommt dieser kleine Trick:
Die untere Ebene mit dem Originalbild nach oben schieben bzw. eine Kopie desselbigen erstellen und dann den Ebenenmodus auf "Multiplizieren" stellen.
Sofern die Flächen geschlossen sind, reicht oft auch das Zauberstab-Werkzeug für die Auswahl aus, aber dann sollte man den Rand noch etwas erweitern, damit am Schluss keine weißen Flecken mehr zwischen Umriss und Füllung zu sehen sind.
Auch beim Einsatz des "Zauberstabs" ist es ratsam, pro zu füllender Fläche eine eigene Ebene zu erstellen.
Dieses Verfahren sollte zumindest etwas kräfteschonender sein als die rein manuelle Kolorierung per mausgeführten Stift oder Pinsel.