Eine interessante Frage. Ich formuliere sie mal allgemeiner:
Kernfrage:
Wie funktioniert die Herstellung von Gütern, Kleidung, Essen und Trinken, Haushaltswaren, Werkzeugen, ...?
Nun scheiden sich die Geister.
Im 24. Jahrhundert würde ich auf Replikation tippen. Dies bedeutet aber auch, dass damit jedweder Handel – außer mit Replikationsmatrizen, also nicht mehr wie „Bauplänen“ – obsolet wäre.
Damit wäre jedes Gut für jeden und an jedem Ort (dort wo es eben einen Replikator gibt) herstellbar.
Abgesehen davon, dass es bei der Replikation auch wieder zwei Möglichkeiten der Herstellung gibt (Neuanordnung von Elementen zu Molekülen, dh. Replikation aus „Rohmaterie“ versus Replikation aus Energie), führt das aber zu einem denkbar „langweiligen“ Universum, so dass sich die Autoren mit dem Trick behalfen, dass manche Dinge zu kompliziert zum Replizieren sind und eben auf altbewährtem Wege hergestellt werden müssen.
Je nachdem, welches Prinzip man nun zugrunde legt, gibt es verschiedene Ansatzmöglichkeiten für dein Problem:
Betreibt man „Replikation aus Energie“ sucht man sich eine Sonne und wandelt abgestrahlte Energie in die Dinge um, die man benötigt. Bedenkt man nun das schier unerschöpfliche Reservoire der Sonne kann man also Waren produzieren, wie man es möchte.
Sicher benötigt man zur Herstellung nicht nur die Energie, die zur Materie umgewandelt wird, sondern auch noch etwas für den Prozess, so man mehr Energie reinstecken muss, als dass man nutzen kann (vgl. Prinzip eines Perpetuum Mobile), aber: Betreibt man diesen Prozess bei einer Sonne werden die Schiffsressourcen nicht angetastet!
Das bedeutet: Wenn ich eine Sonde verwenden kann, die ich komplett replizieren könnte, dann wird es sich rechnen, sie dorthin zurückzuschicken, wo ich sie herhabe, dh. ich kann sie in eine Sonne schießen.
Wenn ich aber Technologien benötige, die ich nur auf schwierigstem Wege durch althergebrachte Fertigungsmethoden herstellen kann, so werde ich diese Sonde wohl bergen.
Dass man nun manche Dinge auf Vorrat hat, gibt schon Sinn: Man stelle sich vor, mein Replikator fällt aus, weil ein Ersatzteil defekt ist. Habe ich dieses jetzt nicht zur Hand, kann ich meinen Replikator nie wieder in Betrieb nehmen – denn replizieren kann ich es ja mit einem defekten Gerät nicht.

Auch denke ich ist es ein schlechter Zug, Torpedohülsen zu replizieren, während man von einem halben Dutzend Schlachtkreuzer durch ein Sternensystem gejagt wird: Auch hier ist eine Vorratshaltung ziemlich sinnvoll!