Ich denke (auch) nicht, dass man Schiffe, die nicht zur Sternenflotte gehören, mit der Aufgabe betrauen kann, sich dem Omega-Molekül anzunehmen.
Die Gefahr, die Tolayon anspricht, sehe ich aber auch. Es geht nicht nur darum, den (Entschärfung-)Umgang mit dem Molekül auf diese Weise zu regeln.
Wenn die zivilen Kommandanten nicht Bescheid wissen, ist das sehr, sehr gefährlich. Ein ziviler Captain, der auf ein Omega-Molekül trifft wird immer die klügere Entscheidung - nämlich die Finger davon zu lassen und die Sternenflotte zu informieren - treffen, als der, der überhaupt keine Ahnung hat, womit er es zu tun - und folglich geneigt sein wird, der Sache auf den Grund zu gehen. Horrorszenarien wie Föderations-Terrorismus würde ich nicht zu sehr lancieren, das fände ich für Star Trek unpassend.