Ich denke, die erste Frage ist es, was für eine Art Geschichte du erzählen willst. Eine einzelgeschichte oder eine \"Serie\". Dann gibt es noch die Frage, um was es gehen soll. Erforschung einer Anomalie? Eine Verschwörung? Ein Konflikt? Eine Geschichte nach Star Trek/TNG Dialektik um sozialethische Fragen?
Wenn du letzteres vor hast als Einzelgeschichte stellt sich die Frage, um was für ein ethisches Problem soll es sich handeln? Danach stellt sich die Frage, was für eine Aussage man zu dem Thema machen will. Als nächstes ergibt sich die Frage, wie man These (also die \"Message\") und Antithese (gegenargument) auf die an der Handlung beteiligten Personen verteilen will. Meistens kam ja bei diesen typischen Star Trek Episoden es zur Handlung wegen eines Konflikts zwischen dieser These und der Antithese. Häufig hatte die Enterprise die Rolle der These, die aus irgendeinem Grund in ein soziales Problem von Aliens miteinbezogen wurde, die wegen der Antithese eben jenes Problem hatten und die Enterprise dies dann irgendwie löste, wo dann im Verlauf These und Antithese diskutiert wurden. Manchmal hatte die Enterprise auch die Rolle des Vermittlers zwischen These und Antithese.
Deshalb stellt sich bei so einer TNG Konstellation als nächstes die Frage, wie kommen die Vertreter von These und Antithese miteinander in Berührung? Am Ende stellt sich dann die Frage, wie dieses Problem gelöst werden kann.
Diese Fragen helfen einem schon sehr, einen typischen TNG Planet of the Week Plot auf die Beine zu stellen. (Ich hoffe mal, das kann dir ein wenig weiterhelfen. Falls nicht, sag mal was für eine andere Art von Geschichte dir vorschwebte.)