Das Jahr 2260Die Minbari geben John Sheridan ein mächtiges neues Schiff, den Weissen Stern, den er im kommenden Kampf gegen die Schatten kommandieren soll. Die Korruption innerhalb der Erdregierung wird publik gemacht, als bekannt wird, dass die Schatten mit einigen Regierungsmitgliedern zusammenarbeiten. Die Erde versinkt in einen Bürgerkrieg, als das Kriegsrecht verhängt wird. Sheridan sieht sich aus Gewissensgründen gezwungen, sich von der Erde für unabhängig zu erklären und übersteht einen Kampf mit den Erdstreitkräften nur mit Hilfe von Minbari-Schiffen, angeführt von Delenn. Die Schatten beginnen, öffentlich und ohne erkennbares Muster in den Krieg einzugreifen. Sheridan gründet eine Allianz zwischen vielen Rassen mit Hilfe der Vorlonen, die moralische Unterstützung gewähren, indem sie selbst die Schatten angreifen. Dies hat zur Folge, dass Botschafter Kosh getötet wird. Jeffrey Sinclair kehrt mit einer Nachricht aus der Vergangenheit auf die Station zurück. Mit Hilfe der Grossen Maschine auf dem Planeten unter der Station befördert der Weisse Stern Babylon 4 eintausend Jahre zurück in die Zeit, um in einen Krieg gegen die Schatten zu helfen. Indem er seinen politischen Feind, Lord Refa, ermorden lässt, führt Londo seinen Aufstieg in seiner Regierung weiter. Sheridan und Delenn organisieren einen Schlag gegen die Schatten, als sie entdecken, dass Telepathen die Schatten aufhalten können. Sie erringen einen Sieg, aber nur mit grossen Verlusten. Sheridans Frau kehrt von Z'ha'dum zurück und versucht ihn zu überzeugen, dass die Schatten eigentlich gar nicht so schlecht sind. Sheridan lehnt ihre Bitte ab, den Schatten zu helfen, als er entdeckt, dass Annas Persönlichkeit verändert wurde. Anstelle dessen lässt er den Weissen Stern auf Z'ha'dum stürzen, der mit zwei Mega-Bomben explodieren wird. Auf Koshs Rat hin springt er kurz vor der Explosion in ein grosses Loch. Kurz nach der Explosion kehren Schattenschiffe, die Babylon 5 bedrohten, zu ihrer schwer beschädigten Operationsbasis zurück. Eines der Schiffe scheint Garibaldi mit sich genommen zu haben.
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Das SchattenschiffEin Beauftragter der Erdregierung untersucht das geheimnisvolle Schiff, dem Lt. Keffer im Hyperraum begegnete. Nur bei G'Kar findet er eine, wenn auch für ihn unbefriedigende, Antwort. Nach seiner Rückkehr auf die Erde gibt er diese Informationen unwissend den Schatten.
Londo versucht, seine Verbindung zu Morden zu beenden.
Sheridan erhält ein neues Werkzeug im Kampf gegen die Schatten.
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BombenterrorEine Reihe von Bombenexplosionen bedrohen die Station, und Ivanova bittet einige ungewöhnliche Ermittler, eine christliche Gemeinschaft, um Hilfe bei der Lösung des Rätsels.
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24 Stunden bis zum EndeSheridan und Ivanova versuchen, mit einer Vereinigung der Frachterpiloten zu verhandeln.
Eine fremde Sonde nimmt ersten Kontakt mit der Station auf.
G'Kars Position unter den Narn ist nach der Ankunft eines von den Centauri eingesetzten Verbindungsmannes in Gefahr.
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Die Schrift aus BlutLyta Alexander kehrt auf Koshs Anordnung hin zur Station zurück.
Einer von Theos Mönchen entdeckt, dass er eine Vergangenheit hat, von der er nichts weiss und die mit einer schwarzen Rose und einer blutigen Schrift zusammenzuhängen scheinen.
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Der BeweisDraal hilft der Crew bei einem Versuch, andere First Ones zu kontaktieren dabei werden Beweise für ein Attentat entdeckt.
Sheridan muss versuchen, seine Verschwörung vor der Nightwatch zu verbergen.
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Der SelbstversuchEine Droge mit telepathischen Auswirkungen wird auf der Station gefunden, was dazu führt, dass Bester nach Babylon 5 kommt.
G'Kar erreicht einen Wendepunkt.
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Die Hüter des WissensMarcus und Dr. Franklin bekämpfen eine Invasion durch ausserirdische Parasiten, die sich in Menschen einpflanzen.
Ivanova untersucht die Möglichkeit, eine weitere Person in die Verschwörung aufzunehmen.
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Netz der LügenWährend der Senat weiterhin die Anschuldigungen gegen Präsident Clark untersucht, bringt eine Archäologin Neuigkeiten über eine Entwicklung, die Sheridan dazu zwingt, gegen die Erdregierung zu agieren. Die Nightwatch verstärkt ihre Kontrolle über die Zivilbevölkerung.
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KriegsrechtSenatorin Morella, eine der drei Frauen des verstorbenen Centauri-Imperators, besucht auf Bitten Londos Babylon 5. Londo will von Morella, die einen Ruf als große Seherin hat, seine Zukunft erfahren. Ihr Weissagung ist allerdings etwas kryptisch: Sie sieht sowohl Londo als auch Vir als zukünftigen Imperator der Centauri. Inzwischen hat Präsident Clark über die Erde und auch über Babylon 5 das Kriegsrecht verhängt. Mitglieder der Spitzelorganisation Nightwatch übernehmen die Kontrolle der Station. Daraufhin entschließt sich Sheridan zu einem Staatsstreich...
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Die StrafaktionBabylon 5 weigert sich, das von der Erdregierung verhängte Kriegsrecht auf der Station in Kraft zu setzen. Präsident Clark schickt eine Streitmacht um mit Gewalt den Gehorsam zu erzwingen. Auf dem Mars, der sich für unabhängig erklüärt, läßt er zivile Ziele bombardieren. Delenn erhält erschreckende Nachrichten von einem Ranger.
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Ein neuer AnfangNach der Unabhängigkeitserklärung normalisieren sich die Zustaände auf der Station wieder. Nightwatch plant durch Terroranschläge die Situation zu destabilisieren. Sie nehmen Delenn als Geisel um das Verhältnis zu den Kriegsschiffen der Minbari zu untergraben und diese zum Abzug zu bewegen.
Londo setzt Lord Refa ein Ultimatum die Verbindung zu Mordon abzubrechen.
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Eine wahre CentauriLondos ehemaliger Adjudant Vir hilft von Minbar und Centauri-Prime aus Narn zur Flucht. Auf Babylon 5 erwartet ihn Londo mit der Botschaft, daß Vir die Centauri Lyndisty heiraten wird. Nach einem Mordanschlag auf die beiden kommt Virs konspirative Arbeit zu Tage was aber nicht Ursache für den Anschlag war.
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Schmerzen der ErinnerungEin seltsam gekleideter Mann betritt die Station und benimmt sich wie König Artus. Er soll auf der Station seinen Auftrag, daß Schwert Excalibur der Herrin vom See zurückzugeben, erfüllen. Dr. Franklin untersucht den Fremden und findet dessen wahre Identität und ein traumatisches Ereignis, den Krieg zwischen Menschen und Minbari betreffend, heraus.
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Der Feind meines FeindesDer alte Intimfeind Bester kommt auf die Station mit einem ungewöhnlichen Angebot und einer Bitte. Er ist mit anderen im Psi-Corps uneins und sucht Sheridans Hilfe wobei er Informationen über die Schatten als Gegenleistung bietet. G'Kar drängt nun, in die Armee des Lichts aufgenommen zu werden.
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Zeit des AbschiedsDie Offensive der Schatten gefährdet immer mehr Planeten. Sheridan versucht, eine Allianz der bedrohten Völker zu schmieden und bittet den Botschafter der Vorlonen, Kosh, um Hilfe. Londo Molari betrauert den Tod seiner großen Liebe Adira, die ermordet wurde. Dr. Stephen Franklin kündigt seinen Dienst auf, weil er völlig überarbeitet und mitlerweile tablettensüchtig ist.
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Ranger EinsJeffrey Sinclair, Ex-Commander von Babylon 5 und inzwischen Botschafter auf Minbar, erhält einen Brief aus der Vergangenheit. Als Mitbegründer der Widerstandsgruppe der "Rangers" versucht er, mit seinem Nachfolger Sheridan, seinen Gesinnungsgenossen und Delenn, in diese Vergangenheit zu reisen, um dort zu verhindern, daß die Schatten nachträglich die Geschichte verändern.
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Tausend Jahre durch die Zeit Es gelingt Sinclair, Sheridan und den anderen, die in der Zeit verlorene Raumstation Babylon 4 zu betreten. Sheridans Zeitstabilisator wird beschädigt und er kann einen Blick in die Zukunft werfen. Dort trifft er Delenn wieder, die ihn vor einer Reise nach Z' Ha Dum warnt. Sheridan kehrt jedoch in die Gegenwart zurück und hilft mit, Babylon 4 für die Reise tausend Jahre zurück vorzubereiten. Diese Zeitreise wird Sinclair durchführen, der sich in ihrem Verlauf zu einem Minbary, Valen, wandelt...
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Die Schlacht der TelepathenDr. Franklin hat zwar seinen Job als Chefarzt der Station aufgegeben, irrt aber noch auf den unteren Decks der Station herum um sich selbst zu finden. Er lernt dabei eine faszinierende Frau kennen. Zusammen mit Lyta Alexander und einigen Minbari-Telepathen erprobt Captain Sheridan eine Methode mit der den Schattenschiffen endlich militärischer Widerstand entgegengesetzt werden kann.
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Das Rätsel von Grau 17Im Sektor Grau der Raumstation scheint ein ganzes Stockwerk verschwunden zu sein. Sicherheitschef Michael Garibaldi geht diesem Rätsel nach und entdeckt eine bizarre Sekte die dort ihr Unwesen treibt. Nach dem Weggang von Jeffrey Sinclair wird ein neuer Ranger Eins gesucht. Delenn wird von allen favorisiert doch dann bekommt sie Opposition aus den eigenen Reihen.
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Tod eines IntrigantenLondo plant seinen ehemaligen Freund Lord Refa aus dem Weg zu schaffen. Dazu verwendet er G'Kar den er veranlaßt nach Narn zu gehen. Durch geschickte Fehlinformation geht der Plan auf und Refa findet auf Narn den Tod. G'Kar scheint in den Plan eingeweiht worden zu sein. Sheridan ist sehr überarbeitet. Er versucht eine Taktik der Schatten zu erkenne da diese scheinbar wahllos andere Welten angreifen. Delenn zeigt ihm eine Flotte von Kriegsschiffen der Klasse "Weißer Stern".
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Der große SchlagMit der Kenntnis eines de nächsten Ziele der Schatten will die Armee des Lichts einen Gegenschlag versuchen. Dazu tragen auch die allierten Welten bei. Die Schlacht endet mit einem Teilerfolg aber großen Verlusten. Dr. Franklin findet sich selbst nachdem er lebensgefährlich verletzt wurde. Er kehrt in das Medlab zurück. Nach der Schlacht kommt unerwartet Sheridans Frau auf die Station.
Z minus 2 Tage
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Der AlleingangSheridans Frau ist auf der Station und versucht Sheridan zu überreden mit ihr nach Z'Ha'Dum zu kommen. Die Schatten wollen zu einer einvernehmlichen Lösung des Konflikts kommen. Sinclair gelingt es seinen Alleingang bis zuletzt vor allen geheim zu halten. Er entführt den weißen Stern und fliegt mit seiner Frau nach Z'Ha'Dum. Dies stellt sich als Falle heraus. Sheridan gelingt es ferngesteuert den weißen Stern in die Basis der Schatten fliegen zu lassen, er selbst springt in ein tiefes schwarzes Loch im Planeten.
Viel Spaß beim Diskutieren bezüglich der 3. Staffel.