Die Frage ist für welche Aufgabe sollen die Jäger eingesetzt werden und kann das nicht ebenso gut von Normalen Schiffen mit Shuttles erfüllt werden?
Wenn von "Jägern" die Rede ist, denkt man natürlich direkt an BSG oder Star Wars, mit tollen Kampfgeschwadern und irgendwelchen Kriegshandlungen. Das wirkt vor dem Star Trek-Hintergrund wirklich fremd und macht wohl auch nicht so viel Sinn, weil die Gegenseite (Klingonen, Romulaner) bisher auch nie auf Jäger setzte, und die kleinen Schiffe im Kampf gegen die großen nicht lange durchhalten würden. Der Maquis konnte lediglich Hit-and-Run Angriffe fahren, und bei der Rückeroberung von DS9 waren die Jäger ja auch nur dazu da, die Cardassianer zu piesacken. Für reine Kampfhandlungen sind die also eher nicht gedacht.
Wenn man sich gedanklich vom unmittelbaren Schlachtengetümmel entfernt, machen die Jäger aber durchaus Sinn, beispielsweise zur Perimeterverteidigung. Wenn beispielsweise ein neues Sternensystem zur Föderation hinzugefügt wird, muss ja irgendwie die Grenze regelmäßig abgeflogen werden - schon alleine zum Schutz vor Piraten. Der Weltraum ist groß, da schickt man wohl lieber viele kleine Schiffe ins Rennen, als wenige große. Die kleinen können dann in alle Richtungen ausschwärmen und als Argus-Augen (und Ohren) dienen. Weil die vermutlich die erste (und letzte) Verteidigungslinie gegen das Unbekannte darstellen, werden sie wohl auch gut bewaffnet sein - besser als normale Shuttles. Der Nachteil kleinerer "Jäger" ist aber nun mal, dass sie nicht lange alleine operieren können - sie brauchen also immer auch einen Heimathafen, zu dem sie zurückkehren und auftanken können. Hier kommt dann eben der Träger ins Spiel, der wohl so lange im Zentrum des Sektors bleibt und als Heimathafen dient, bis eine Sternenbasis und möglicherweise auch genügend Sensoranlagen errichtet wurden, die dann den Perimeter selbst im Auge behalten können.
Das wird je nach dem wohl etwas dauern und... na ja, die Aufgabe einer Galaxy beispielsweise ist die Tiefenraumforschung, nicht die, Wochenlang in einem Sektor herumzudümpeln. Von daher... machen Trägerschiffe wohl schon Sinn. Und spezielle Jäger auch.
Normale Shuttles besitzen vielleicht nicht genug Bewaffnung (keine Torpedos). Runabouts haben sie, aber die wiederum sind vielleicht bei Atmosphärenflügen nicht so wendig, wie ihre Pendants mit Flügeln - die Peregrine-Jäger. Schon erklärt sich, warum die Schiffe so aussehen, wie sie aussehen, und warum es sie gibt.