Das Jahr 2261John Sheridan ist verschwunden, Michael Garibaldi auch - die Station befindet sich auf einer Schwebe, niemand weiß, was nun passiert, der Krieg gegen die Schatten ist zumindest kurzfristig unterbrochen und Londo Mollari nach Centauri Prime zurückgekehrt. G'Kar macht sich auf die Suche nach Garibaldi und wird dabei von den Centauri gefangengenommen und nach Centauri Prime gebracht. Sheridan befindet sich auf dem Boden dieses großen Loches auf Z'ha'dum - tot. Ein fremdes Wesen namens Lorien - der Allererste überhaupt - gibt ihm jedoch Teile seiner Lebensenergie zurück. Sheridan kehrt zusammen mit Lorien nach Babylon 5 zurück. Unterdessen haben auch die Vorlonen begonnen, aktiv in den Krieg einzugreifen: Sie zerstören jeden Planeten, der mit den Schatten kooperiert. Aus diesem Grunde wird Kosh von der Station gewiesen, der sich allerdings weigert. In einem Gefecht wird der "neue" Kosh getötet - ebenso wie Reste des "alten" Koshs, der die ganze Zeit in Sheridan geblieben ist. Sheridan erfährt sobald, dass er nur noch rund 20 Jahre zu leben hat. Garibaldi, inzwischen zurückgekehrt, wird immer agressiver und spricht sich immer lauter gegen Sheridan aus und kündigt seinen Job, den dann Zack Allan übernimmt. Während sich der Krieg zwischen Vorlonen und Schatten weiter zuspitzt, verbünden sich Londo (inzwischen mehr oder weniger stationär auf Centauri Prime als planetarer Sicherheitsberater) und G'Kar, um den wahnsinnigen Imperator Cartagia aus dem Weg zu räumen - er bietet den Schatten an, sich auf Centauri Prime niederzulassen, was in dem Krieg nicht gerade günstig für den Planeten ist. Cartagia wird auf einer Reise nach Narn von Vir Cotto getötet, die Centauri ziehen von Narn ab. Kurz danach wird auch der Krieg zwischen und gegen Schatten und Vorlonen beendet, indem Sheridan und die teilnehmenden Völker erklären, sich weder von Schatten noch Vorlonen beeinflussen zu lassen und ihren eigenen Weg gehen wollen. Lorien und die anderen brechen daher auf und verlassen die Galaxie. Kurz danach wird die Lage auf der Erde, aber auch die Situation auf Minbar kritischer. Präsident Clark errichtet ein Embargo gegen Babylon 5, während es auf Minbar zu einem Krieg zwischen der religiösen und der Kriegerkaste kommt. Dieser Konflikt wird aber kurze Zeit später von Delenn beigelegt, ein neuer Grauer Rat errichtet, mit fünf Stimmen für die Arbeiterkaste und je zwei für die anderen Kasten. Sheridan beschließt später, gegen die Erde mit Gewalt vorzugehen. Nach und nach werden die Kolonien zurückerobert, schließlich auch die Erde. Während des Marsches zur Erde wird Sheridan gefangen genommen, gefoltert und verhört - und dabei von Garibaldi verraten (Garibaldi erfährt wenig später, dass er von Bester telepathisch manipuliert wurde). Clark begeht in der Endphase des Krieges Selbstmord, die "Säuberungsphase" beginnt, in der Kollaborateure von Befehlsempfängern getrennt werden soll, zur selben Zeit opfert Marcus sein Leben für Susan Ivanova, die im Kampf um die Erde schwer verletzt wurde. Es wird eine neue Allianz gebildet, zwischen der Erde, Narn, Centauri Prime und der ehemaligen Liga der blockfreien Welten, an deren Spitze Sheridan, der kurz darauf Delenn heiratet, als Präsident steht.
4x01
Die Stunde des WolfsDer Krieg mit den Schatten scheint nach der Zerstörung von Z'Ha Dum vorüber zu sein. Die Allianz der Völker beginnt zu zerbrechen. Botschafter Mollari wird zurück nach Centauri-Prime berufen. Dort trifft er einen veränderten Mordon, der die Explosion auf Z'Ha Dum überlebt hat. Mordon verlangt, daß die Schatten auf Centauri-Prime eine Basis unterhalten dürfen und setzt dies auch durch. Alles deutet daraufhin, daß Captain Sheridan auf Z'Ha Dum ums Leben gekommen ist.
4x02
Der letzte des Kha'RhiSheridan trifft an einem unbekannten Ort, scheinbar auf Z'Ha Dum, einen Unbekannten, der sich später als Lorien zu erkenen gibt. Lorien offeriert Sheridan, daß er tot ist. Sheridan muß anhand seines fehlenden Pulses und des fehlendem Hungergefühls nach 9 Tagen dies auch einsehen. Lorien teilt Sheridan mit, daß er der "Erste" ist.
G'Kar ist auf der Suche nach Garibaldi und wid dabei von den Centauri gefangen genommen.
4x03
Rückkehr vom SchattenplanetenAn Bord eines fremden Schiffes wird Garibaldi gefunden. Beim Befreiungsversuch wird das Schiff zerstört bz.w zerstört sich selbst. Garibaldi befindet sich aber in der einzigen Rettungskapsel. Ivanova entdeckt auf der Suche nach den Ältesten eine riesige Flotte der Vorlonen mit Planetengroßen Schiffen im Hyperraum versteckt. Captn. Sheridan kehrt mit Lorien nach Babylon 5 zurück und übernimmt sofort wieder die Führung was Garibaldi befremdet. Es gelint ihm die zerbrechende Allianz wieder zu kitten Die Vorlonen haben inzwischen begonnen Planeten, die die Schatten unterstützt oder geduldet haben, zu zerstören.
4x04
Das Monster auf dem ThronKosh und Sheridan beschließen, den neuen Vorlonenbotschafter loszuwerden da dieser seine Position dazu nutzt Widerstand gegen die neue Vorlonenpolitik zu brechen. Da alle Versuche ihn zur Abreise zu bewegen scheitern, wird ein Plan ausgearbeitet ihn in eine Falle zu locken. Es wird das erste Mal sein, daß jmd. außer Lyta Alexander einen Vorlonen so sieht, wie er wirklich ist!
4x05
TyrannenmordLondo organisiert den Mord am Empirer der Centauri. In dem Deal wird Narnb endlich wieder befreit. Inzwischen organisiert Sheridan den Widerstand gegen Vorlonen und Schatten. Er versucht, ein Zusammentreffen von Vorlonen und Schatten in einer Schlacht herbeizuführen. Die größte Flotte des Zeitalters bewegt sich in Richtung des Kampfschauplatzes.
4x06
Das dritte ZeitalterVorlonen und Schatten treffen sich in der Nähe eines mit den Schatten verbundenen aber extrem unterentwickelten Volkes. Die Vorlonen beginnen den Planeten zu zerstören, die Schatten greifen die Flotte an. Die letzten der Ältesten sind gefunden. Als Schatten und Vorlonen die Flotte immer noch ignorieren werden die Ältesten zu Hilfe gerucfen die bei Vorlonen und Schatten aufräumen. Nach Zerstörung des Planetenkillers kommt es endlich zum Gespräch infolge dessen der Krieg beendet wird und die alten Völker die Galaxie verlassen.
4x07
Unter QuarantäneDie Erdregierung versucht, Babylon 5 zu vernichten. Sie blockieren die Sprungtore in der Nähe von Babylon 5. Bester kommt auf die Station und erzählt von den Plänen des Präsidenten. Als Gegenleistung für eine entscheidende Information verlangt Bester eine Flug nach Z'Ha Dum um an die Schattentechnologie zu gelangen. Dort angekommen beobachten sie wie unbekannte Schiffe Z'Ha Dum verlasen in einer Art Evakuierung. Z'Ha Dum zerstört sich selbst, ausgelöst durch ein telepathisches Signal von Lyta Alexander.
4x08
LügenpropagandaISN-Reporter kommen auf die Station um die "Wahrheit" über Babylon 5 zu finden und der Menschheit zu berichten. Sie können sich in der Station frei bewegen. Ohne Bilder zu fälschen zeigt der Bericht in ISN nachher genau das Gegenteil der Wirklichkeit. Durch geschickt eingeholte Stellungnahmen gelingt es dem Reporter eine "Verschwörung" der Minbari nachzuweisen.
4x09
Das TraumorakelDelenn wird nach Minbar zurückberufen um ein Problem wegen ihrer Beziehung zu Sheridan zu lösen. Sie muß sich ihrer Rolle im Erde-Minbari-Krieg erkennen. Sheridan sendet Dr. Franklin und Marcus zum Mars zu einer geheimen Mission.
4x10
Captain JackDr. Franklin und Markus fliegen zum Mars um Mitglieder des Widerstands zu treffen. Ihr Begleiter trägt dabei eine Parasiten der ihn steuert und die Mission fast zum Scheitern verurteilt. In der Zwischenzeit entfernt sich Garibaldi immer weiter von von Sheridan. Es kommt zur offenen Auseinandersetzung. Garibaldi wird von einer unbekannten irdischen Gruppe ein Jobangebot gemacht. Er nimmt an.
4x11
Die Stimme des WiderstandsFranklin und Markus treffen auf dem Mars die Führer der Widerstandsgruppen und schaffen es, sie auf ihre Seite zu ziehen. Delenn fliegt mit der Flotte der "White Stars" zu einer Position, an der Überfälle auf Konvois gemeldet wurden und wird von einem Crew-Mitglied gekidnapt. Sie entdecken die Drak, ehemalige Helfer der Schatten und zerstören deren Mutterschiff. Sheridan baut in der Zwischenzeit ein Fernsehzentrum auf Babylon 5 auf.
4x12
Ein Job für GaribaldiGaribaldi wird beauftragt, eine wichtige Persopn an der Sicherheit vorbeizuschleusen und für deren Sicherheit zu garnatieren. Nach Abschluß der Operation wird er von einer der reichsten Personen der Erde angeworben. Die "Stimme des Widerstands" geht auf Babylon 5 auf Sendung.
4x13
Krieg der KastenSheridan schafft es, durch einen gespielten Konflikt die unabhängigen Welten von der Notwendigkeit von Patrolien entlang der Grenzen zu überzeugen. Delenn versucht in der Zwischenzeit, den Bürgerkrieg auf Minbar zu beenden.
4x14
Im Kreis des SternenfeuersDelenn schaft es, nach schweren Kämpfen durch Kapitulation der religiösen Kaste den Bürgerkrieg zu beenden. Sie erschafft den grauen Rat neu, in einer geänderten Zusammensetzung. Sheridan erhält ein Video was die Zerstörung von Flüchtlingsschiffen durch Kreuzer der Erdallianz zeitgt und entschließt sich, der Erde den Krieg zu erklären...
4x15
Die Befreiung von Proxima 3Sheridans Streitkräfte beginnen Proxima 3 zu befreien. Londo versucht G'Kars Hilfe in der Unterstützung Sheridans gegen die Erde zu finden.
4x16
Hinter den KulissenGaribaldi trift auf dem Mars ein und trifft William Edgers. Lyta hilft Franklin bei einem Versuch zu den gefrorenen Telepathen Kontakt aufzunehmen.
4x17
Homo SuperiorSheridans gerät auf der Suche nach seinem Vater auf dem Mars in eine Falle, angelockt von Garibaldi. Lyta warnt Sheridan vor einem Kampf zwischen Telepathen und Menschen. Garibaldi muß sich inzwischen zwischen seiner Loyalität zu Edgers und Sheridan entscheiden.
4x18
Das VerhörSheridan findet sich auf dem Mars vor der Inquisition der Erdregierung wieder. Es soll ein "Geständnis" erpreßt werden daß Sheridan von den Außerirdischen mißbraucht wird.
4x19
Das Werkzeug der VergeltungGaribaldi wird von der Widerstandsbewegung auf dem Mars gefangengenommen. Franklin kann im letzten Moment eine Hinrichtung verhindern. Ein Plan zur Befreiung Sheridans wird erarbeitet. Ivanovas Flotte trifft mit Clarks Streitkräften zusammen.
4x20
Söhne und Töchter der ErdeDer Kampf um Mars und Erde hat begonnen. Nachdem Präsident Clark die Aussichtslosigkeit seines Widerstands erkannt hat begeht er Selbstmord. Marcus trifft eine lebenswichtige Entscheidung.
4x21
Die neue AllianzDie Erdregierung entscheidet über Sheridans Schicksal. Delenn macht einen bemerkenswerten Vorschlag an die Liga der blockfreien Welten, Garibaldi sucht nach Lisa.
4x22
In 100 Jahren, in 1000 Jahren ...Ende der 4. Staffel. Es findet ein Überblick statt über den Einfluß von Babylon 5 in 100, 500, 1000 und 1000000 Jahren ...
Viel Spaß beim Diskutieren bezüglich der 4. Staffel.