Der Hauptvorteil dürfte wohl in der direkten Wirkung liegen, man hat also sofort die volle Leistung am Punkt. Ein Strahl wie beim herköhmlichen Phaser dagegen entfaltet ja erst mit der Zeit seine Wirkung und außerdem ist nicht sicher, dass die ganze Zeit über der selbe Bereich getroffen wird (wie ja auch in Svenstext steht schwerer zu zerstreuen). Wenn der Gegner um seine eigene Achse rotiert, kann er immer neue Schildbereiche in den Strahl bringen und so die Belastung gleichmäßiger verteilen (grade bei regenerativen Schilden ein enormer Vorteil). Nachteil ist jedoch das bei einem Fehlschuss, die gesamte Wirkung ins Leere läuft, wohingegen ein Strahl dem Ziel folgen kann und so immerhin noch einen Teil seiner Energie ins Ziel bringt.
Generell macht es denke ich nur bei kleinen Schiffen wirklich Sinn Pulsphaser einzusetzen, da sie wohl nie die Wirkung der großen Phaserphalanxen (der Schussbereich ist eingeschränkt, wohingegen eine Phalanx fast frei feuern kann) einer Galaxie oder Sovereign erreichen und diese mit Phaserphalanxen wesentlich flexibler sind, da sie nicht durch Manövrierbarkeit dafür sorgen können, dass das Ziel im Schussbereich bleibt.
Insofern: kleine Schiffe sind mit Pulsphasern besser beraten, da sie so trotz der geringen Größe wehrhaft sind, bei großen Shciffen überwiegen dann aber doch die Nachteile. Einzige ausnahme wäre hier denke die Prometheus die durch den MVA beide Systeme einsetzen kann.