Es gab beim ersten zwar auch Unmengen an Plotholes, aber am zweiten sind sie mir stärker ins Gewicht gefallen - da habe ich mir schon WÄHREND dem schauen an den Kopf gegriffen. Beim ersten sind sie mir erst nach dem dritten mal ansehen klar geworden.
Und das bezieht sich nicht nur auf offensichtliche Canon-Idiotie (1 Tag nach Chronos? Von der Erde dorthin beamen?) sondern auch auf ganz starke Logiklücken (Wie kann Scotty einfach so zu einer Top-Secret Station fliegen, unbemerkt und sich dann noch einfach hineinschleichen? Was war die Pointe nach Chronos zu flüchten, jeder andere Planet hätte es auch getan? Warum will Kahn San Francisco zerstören, Sektion 31 dort wurde schon ausgeschaltet - wieso nicht die geheime Basis oder so angreifen?)
Ja, Logiklücken gibt es in "ID" fraglos (wobei Alex das mit Frisco ja schon beschrieben hat. Und was Qo'noS / Kronos anbelangt: das musste an sich nicht sein, wenn man so will, aber es war halt aus Sicht der Macher für die Story praktisch, weil Marcus Kirk & Co. dann dazu benutzen konnte oder zumindest wollte, die Klingonen unschädlich zu machen).
Der Unterschied war in meiner Wahrnehmung, dass die Plotlöcher hier dem Zweck dienten, den Film zusammen zu halten, während sie im ersten Film eher die dort allgemein vorhandene Tendenz noch verstärkte, Szenen zum Selbstzweck ohne Zusammenhang in den Film zu hieven. Meine zweite Kritik am ersten Film - nämlich "gefühlsverachtend" zu sein - gibt es "ID" so auch nicht.
ST 5 ist ja auch der "Beste" aller 12 Filme. 
Ich weiß gar nicht, was alle gegen ST:V haben: Für mich fühlt sich die Interaktion des Trios Kirk, Spock, McCoy "richtiger" an als in "The final frontier". Und die Story ist ja wohl TOS pur

Also so ganz sauber ist man in keiner der Serien damit umgegangen und daher ist es eigentlich für mich kein Thema. An Abrams Version stört mich einiges Anderes viel mehr, besonders die Einstellung, die Abbrams und seine Autoren gegenüber dem vorhandenen Franshise zeigten und zeigen.
Ich glaube, so geht es mir auch.
Immerhin hatte ich bei "ID" aber wirklich ein paar Momente, bei denen ich mir sagen konnte, dass das schon was mit ST zu tun hat und nicht nur bunt und laut war.