uh, schwierige Frage... weil natürlich sehr am persönlichen geschmack liegend. OK, ich versuche mal einige zu nennen, die eher Abseits der allseits beliebten Favorit-Episoden rangieren;
Ich finde, Du hast einen guten Geschmack

- "Gefährliche Planetengirls" - ist meine absolute Lieblingsfolge... weil: total bunt und total sinnfrei. Allein wegen der LSDFarben und Bananförmigen Story liebe ich diese Episode.
Ich fand den Titel immer schon so abschreckend, dass ich mich mit der Folge auch erst wieder durch die ZDF neo-Ausstrahlung auseinander gesetzt habe.
Stimmt, ein wenig sinnfrei ist die Folge schon, vor allem, wenn man am Ende den Eindruck gewinnen muss, man hätte das ganze irgendwie auch in zehn statt fünfzig Minuten erzählen können

- wohl gefolgt von "Kampf um Organia" sowohl Storiemässig als auch durch die Figuren (Klingonen, Kor!) sehe ich die immer wieder gerne. Nicht nur wegen der Überheblichkeit Kirks (ich glaube in keiner anderen Folge leiert Spock so oft die Augenbrauen nach oben) als auch wegen der Idee das Kirk und Spock da wirklich länger bei einer fremden Zivilisation im Ausseneinsatz sind und paradoxerweise auch noch meinen für die Krieg führen zu müssen. Ich darf gar nicht dran denken wie die Episode mit einem satten Budget ausgesehen hätte. 
Die Folge finde ich auch beeindruckend. Ganz große Bedeutung für die Wirkung hat mMn auch der Rat von Organia. Mit dessen phlegmatischen und stoischen Auftreten wird der Aktionismus von Kirk und Kor schön ad absurdum geführt. Es mangelt einem zwar ein wenig an der Fassbarkeit der (angeblichen) Bedrohung, wenn die Klingonen Geißeln töten (wollen) und wir als Zuschauer das nur über eine doch sehr lasche Mauerschau erfahren. Dennoch geht das Konzept gut auf und wirkt doch sehr entlarvend, wenn es um eigene Überheblichkeit geht.
- "De Unsichtbare Falle" - Romulaner, Spock, Tarnvorrichtung... da verkrafte ich sogar Kirk mit spitzen Ohren und eine Szene in der Scotty ihn deswegen fast nich erkennen soll (brauch wohl ne Brille!)
"Ich bin der Kaiser von Romulanien"

Nun, das ist auch wieder so ein Punkt, wo ich mich frage, wie das im Original gelöst wurde.
Die Folge ist an sich sehr gut, schon auch ziemlich spannend. Krass finde ich, wie problemlos Spock der romulanischen Kommandantin was vorspielt!
A propos Romulaner: Was hälst Du von "Spock unter Verdacht"? Ich schätze an dieser Folge die Dramaturgie und auch das Spiel der Figuren sehr. Die Weltraumfahrt gleicht hier dem Durchkreuzen der Meere durch U-Boote, die Taktiken sind nachvollziehbar und spannend. Und der kriegsmüde romulanische Kommandant versprüht in seiner Depression ein Charisma sondergleichen!
- besonders mag ich auch alle drei Fast-McCoy Episoden "Der verirrte Planet", "Im Namen des jungen Tiru" und "Der erste Krieg"... immer wenn sich der Fokus etwas mehr auf McCoy legte kamen einige Super interessante Stories heraus. Vielleicht kann man sogar "Wie die Zeit vergeht" hier noch hinzufügen....
Ich bin mit der Zeit auch zu einem richtigen McCoy-Fan geworden! Entsprechend gefallen mir Folgen, die ihn näher beleuchteten auch ziemlich gut.
Zu einem echten Highlight in meinen Augen, bei dem McCoy auch eine Rolle spielt, komme ich gleich noch...
- "Portal in die Vergangenheit" - Super Story, vor allem aber eine der besten weiblichen Nebenfiguren der gesamten Serie.... Zarabeth
Keine TOS-Folge hat mich so deprimiert wie diese Episode! Das Schicksal Zarabeth machte auf mich aber wahrscheinlich auch deswegen besonderen Eindruck, weil sie recht niedlich aussieht

(Wie TOS allgemein ein paar sehr hübsche Schauspielerinen vorzuweisen hat).
Mich erstaunt das rückblickend aber doch wirklich immer wieder, dass das Ende der Folge so perspektivlos durchgezogen wurde - gerade weil das etwas ist, was ich mit TOS eigentlich so nicht verbinde. Vielleicht macht das die Folge aber gerade so stark.
- eine der eher kauzigen Episoden "Landru und die Ewigkeit"... hier ist ausnahmsweise der deutsche Titel mal genial. Die Episode ist irgendwie kafkaesk für mich...sie scheint routinemässig inszeniert mit einer Routinestorie... aber irgendwie habe ich jedesmal das gefühl was zu verpassen... unter der Oberfläche. Insofern ist mir "Landru" ein bisschen unheimlich... und das mag ich. 
"Landru und die Ewigkeit" ist zwar eine ganz nette Folge, mir blieben am Ende aber doch zu viele Fragen offen. Besonders im Gedächtnis ist mir etwa geblieben, dass für den kollektiven Wahnsinn, der die Bevölkerung hin und wieder befällt, überhaupt keine Erklärung angeführt wird.
- "Der Zentral-Nerven-System Manipulator" - wieder nen Super deutscher Titel... die Episode mag ich eigentlich weil sie besondere Beziehungskosntellationen bietet... Kirk hat eine der wenigen ernsteren Liasons und Spock ist darüber ein bisschen ratlos, während das Love Interest Dr. Helen Noel wieder mal eine der stärkeren Frauenfiguren und Offizierinnen ist...
Bei dieser Folge muss ich immer an die South Park-Parodie denken

Noel ist mir nicht sonderlich präsent, ich muss gestehen, dass das daran liegen kann, dass mir die Liebesaspekte in dieser Folge zu versatzstückartig vorkamen, denn Kirk und die Frauen war ja ein Dauerthema der Serie.
Generell gibt es nur ganz ganz wenig TOS Episoden die ich gar nicht mag, weil selbst die schlechten noch über ein gewissen Charme oder Trashappeal verfügen, so dass da anschauen Spass macht. Doof wirds wenn die Serie ihre Figuren ruiniert ("Platos Stiefkinder") oder aber mit total Mangofruchtigen Plots aufwartet die dann auch noch shice gespielt und umgesetzt sind ("Kurs auf Markus 12").... aber das ist ja zum Glück eher selten... und mindesten zweimal hat die Serie es mit politischen Analogien Holzhammer so weit getrieben das die Folgen kaum noch konsumerabel sind heute.... ("Reise nach Eden" - die Hippis und "Das Jahr des roten Vogels" Yang(kees) gegen Kom(munisten)s wo am Ende noch die US Flagge und Verfassung auftaucht) .. diese Folgen sind moralisch etwas.. verseucht. Aber ansonten... ist TOS Klasse... selbst mit Spocks Brain. XD
"Spocks Gehirn" ist eigentlich auch keine so schlechte Folge. Ganz beeindruckend finde ich zum Beispiel den Moment, bei dem McCoy mitten in der Operation erkennt, dass er die Fähigkeiten, sie zu beenden, wieder verliert. (Gut, ein wenig merkwürdig wird es dann, wenn Spock ihm zu helfen beginnt

)
Den Figuren, da bin ich auch Deiner Meinung, oft viel zugemutet wurde, ist schon etwas bedauerlich; das Beispiel "Platos Stiefkinder" ist hier gut gewählt. Schade finde ich aber auch, dass man - sicherlich aus Budget-Gründen - oft auf Western- oder 20er Jahre-Sets u.ä. auswich.
Eine meienr absoluten Lieblingsfolgen ist "Das letzte seiner Art" / "The Man Trap".
Für mich ist das TOS at its best, einfach weil da der Charme der Serie besonders gut rüberkommt. Das beginnt mit dem genialen Planeten-Set, das wirklich einen Eindruck der Abgeschiedenheit mancher Kolonie zu vermitteln weiß, setzt sich fort mit der Skurrilität der in der Folge auftauchenden Motive und endet mit der Hineinnahme einer Hauptfigur, diesmal eben McCoy. Freilich bin ich vom Ausgang der Folge enttäuscht, aber die moralisch vertretbare Lösung holt "Horta rettet ihre Kinder" / "The Devil in the Dark" ja nach
